AutoDock 4

AutoDock ist eine Sammlung automatisierter Andockwerkzeuge. Es wurde entwickelt, um vorherzusagen, wie kleine Moleküle, wie z.B. Substrate oder Wirkstoffe, an einen Rezeptor mit bekannter 3D-Struktur binden. Zurzeit gibt es zwei Software-Generationen: AutoDock 4, bereitgestellt auf unserer Plattform, und AutoDock Vina.

AutoDock 4 besteht aus zwei Hauptprogrammen:  AutoDock führt das Andocken des Liganden an eine Reihe von Gittern durch, die das Zielprotein beschreiben; Autogrid berechnet diese Gitter vor.

AutoDocks Anwendungsgebiete:

Auf der Kenntnis der Struktur des Targets und/oder anderer bereits bekannter Wirkstoffe. Im ersten Fall steht daher das Screening, im zweiten Fall das Design im Vordergrund. Der strukturbasierte Ansatz wird daher auch als rationales oder gezieltes (targeted) Wirkstoffdesign bezeichnet.

Die Röntgenkristallografie ist die experimentelle Wissenschaft zur Bestimmung der atomaren und molekularen Struktur eines Kristalls, bei der die kristalline Struktur bewirkt, dass ein einfallendes Röntgenstrahlenbündel in viele spezifische Richtungen gebeugt wird.

Die Röntgenkristallografie ist die experimentelle Wissenschaft zur Bestimmung der atomaren und molekularen Struktur eines Kristalls, bei der die kristalline Struktur bewirkt, dass ein einfallendes Röntgenstrahlenbündel in viele spezifische Richtungen gebeugt wird.

Eine Leitstruktur (engl. lead) ist ein chemischer Stoff, der in der Pharmaforschung im Zuge eines Wirkstoffdesigns als ein Ausgangspunkt für die Entwicklung eines Arzneistoff-Kandidaten untersucht wird. Arzneimittelkandidaten herzustellen, müssen die chemischen Strukturen von Leitverbindungen (kleine Moleküle oder Biologika) verändert werden, um die Zielspezifität und Selektivität zu verbessern. Darüber hinaus werden pharmakodynamische und pharmakokinetische Parameter sowie toxikologische Eigenschaften bewertet.

High-Throughput-Screening (HTS), auch Hochdurchsatz-Screening genannt, ist eine vor allem in der Pharmaforschung angewendete, automatisierte Methode, bei der im Hochdurchsatz an Zehntausenden bis Millionen von Substanzen biochemische, genetische oder pharmakologische Tests durchgeführt werden. Werden mehr als 100.000 Stoffe pro Tag untersucht, spricht man auch vom Ultra-High-Throughput-Screening (uHTS).

Die kombinatorische Chemie versucht, durch Kombination und Variation verschiedener Reste an einem Grundgerüst eine Vielzahl von Molekülen herzustellen, aus der diejenigen mit den gewünschten, bzw. optimierten Eigenschaften herausgesucht werden müssen. Zur Synthese werden meistens Roboter und standardisierte Reaktionsabläufe genutzt.

Zusätzlich zur Verwendung für das Andocken können auch die atomaren Affinitätsgitter visualisiert werden. Dies kann zum Beispiel helfen, organische Synthesechemiker beim Design besserer Bindemittel anzuleiten. Zusätzlich zur Nutzung für das Andocken können die atomaren Affinitätsgitter visualisiert werden. Dies kann zum Beispiel helfen, organische Synthesechemiker beim Design besserer Bindemittel anzuleiten.

AutoDock und NWChem machen Ihnen das Leben einfacherer.

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