BLAST

Grundlegendes Suchwerkzeug für den Vergleich von Nukleotid- oder Proteinsequenzen

BLAST, das grundlegendes Suchwerkzeug für die lokale Ausrichtung, findet Ähnlichkeiten zwischen biologischen Sequenzen. Das Programm vergleicht Nukleotid- oder Proteinsequenzen mit Sequenz-Datenbanken und berechnet die statistische Signifikanz (BLAST = Basic Local Alignment Search Tool).

 

BLAST, das Google der biologischen Forschung

Eine BLAST-Suche ermöglicht es einem Forscher, ein bestimmtes Protein oder eine bestimmte Nukleotidsequenz (die sogenannte Abfrage) mit einer Bibliothek oder Datenbank von Sequenzen zu vergleichen und Bibliothekssequenzen zu identifizieren, die der Abfragesequenz über einen bestimmten Schwellenwert ähneln.

Je nach den Abfragesequenzen und Zieldatenbanken stehen verschiedene Arten von BLASTs zur Verfügung. Nach der Entdeckung eines bisher unbekannten Gens in der Maus führt ein Wissenschaftler beispielsweise typischerweise eine BLAST-Suche im menschlichen Genom durch, um zu sehen, ob der Mensch ein ähnliches Gen trägt; BLAST identifiziert Sequenzen im menschlichen Genom, die dem Mausgen aufgrund der Ähnlichkeit der Sequenz ähneln.

 

 

Beispiele für andere Fragen, die Forscher mit BLAST beantworten:
  • Welche Bakterienarten haben ein Protein, das in seiner Abstammung mit einem bestimmten Protein mit bekannter Aminosäuresequenz verwandt ist?
  • Welche anderen Gene kodieren Proteine, die Strukturen oder Motive aufweisen, wie zum Beispiel die gerade bestimmten?

BLAST wird auch häufig als Teil anderer Algorithmen verwendet, die einen ungefähren Sequenzabgleich erfordern.

 

 

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April 2020
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